مهندسی بیوشیمی شاخهای از مهندسی شیمی و یا مهندسی زیست فرایند (Bioprocess Engineering) است که بیشتر به بحث در مورد طراحی و ساخت واحدهای فرایندی از قبیل بیوراکتورها که با ریزسازوارهها، سازوارهها و نیز ملکولهای زنده سروکار دارند، میپردازد. مهندسی بیوشیمی اغلب به دلیل شباهتهای آن با مهندسی شیمی و یا مهندسی زیست فرایند در سابقه موضوع و روشهای حل مسائل که به وسیله این دو گروه مورد استفاده قرار میگیرد، به عنوان شاخه مکمل آموزش داده میشود. از کاربردهای مهم مهندسی بیوشیمی میتوان به استفاده از آن در صنایع مختلفی از قبیل غذا، خوراک دام و طیور، داروسازی، و نیز تصفیه پساب اشاره کرد.